Duchowość ojca Bernarda czerpie z doświadczeń duchowych niektórych świętych z rodziny karmelitańskiej oraz z doświadczeń duchowych św. Pawła od Krzyża, założyciela pasjonistów i mniszek pasjonistek klauzurowych. Jego modlitwy często odwołują się do duchowości "małej Tereski", do drogi dziecięctwa Bożego, która zakłada ufność i zawierzenie łasce Bożej, Miłości Bożej, i według której "wszystko jest łaską". Taką postawę życiową i duchową pragnął przyjąć na co dzień, w relacji z innymi osobami, a przede wszystkim w relacji z samym Bogiem.
Ważnym elementem w duchowości ojca Bernarda jest podejście do cierpienia, w swych pismach pisze, iż pragnie on cierpieć tak "jak Boski Przyjaciel pragnie ode mnie", pragnie słuchać boskich wykładów codziennie. Widać tu naukę i doświadczenie mistyczne św. Pawła od Krzyża. Odczuwa i doświadcza swojej małości (w modlitwie pt. " Ofiarowanie siebie Wcielonej Mądrości"), oddaje się w niewolę Maryi, a właściwie samemu Jezusowi przez ręce Maryi (1930 r.). Wiara sługi Bożego ma wymiar głęboko chrystocentryczny i maryjny. Prosi on o mądrość Krzyża oraz o współcierpienie z cierpiącymi ("kochać Boga sercem własnym i serc milinami"), pragnie wyniszczać się (tak jak wyniszczała się Maryja). Żył cnotą głębokiej wiary, wiarą żył i promieniował, świadkowie jego życia wspominają o jego zatopieniu się w modlitwie głębokiej (np. podczas adoracji grobu Chrystusa w Wielkim Tygodniu), pochłonięty był obecnością Bożą, a wyrażało się to adoracją i głęboką osobistą modlitwą. W centrum swojej duchowości stawiał zawsze Chrystusa, głęboko Go ukochał, w tym przejawiała się cnota miłości. Pragnął transcendencji – przekraczania samego siebie i być blisko Chrystusa (" u stóp Jezusa czuję się z każdym dniem coraz szczęśliwszy – list z 21 marca 1935 r.), zwłaszcza Jego Najświętszego Serca, wobec którego wyrażał głęboki i gorliwy kult: "mam głębokie przekonanie, że wszystko, czego doświadczam, jest owocem… właśnie modlitw. Z całego serca więc dziękuję – resztę zapłaci miłościwe Serce naszego Boga" (list z 21 marca 1935 r.). Pisze o czerpaniu ze skarbów ukrytych przez cierpiącego Boga (21 marca 1935 r.), wyraźnie jest więc wiernym uczniem św. Pawła od Krzyża.
Wyznaje w swoich listach swoją wierność Bogu, gdy wszystko jest na przeszkodzie, gdy są szyderstwa, prześladowanie ze strony otoczenia: "szczęściem jest cierpieniem dowodzić naszej miłości ku Bogu, który nas ukochał i zawisł na krzyżu" (list do matki z 25 listopada 1935 r.). Myśli o Jezusie cierpiącym dla naszej, ludzkiej miłości, "gdy serce zranione i daje nadzwyczajną moc do cierpienia dla Niego" (tamże). Wyznaje to jako 20-latek (w 1935 r.), podobne słowa znajdujemy u św. Teresy z Avila (Twierdza wewnętrzna, mieszkanie VI – pragnienie zbawienia dusz dla Boga). Ojciec Bernard w swoich wyznaniach zapewnia, iż pragnie sam cierpieć dla Boga.
Sługa Boży doświadczył przeżycia Miłości Bożej i Ojcostwa Bożego, przestał z czasem tęsknić za domem rodzinnym (mówi o zaparciu się siebie), zapomina o sobie ze względu na Pana, gdyż Miłość Boża wprowadzała go w stan duchowego uniesienia. W liście pisanym do ojca wyznaje, iż poznał miłość, przeżył miłość ojcowską w swoim dzieciństwie ("wiernie kochający, potężne serca kochanie, na zawsze…"), i odnosił to w końcu do Miłości samego Boga (list z 24 października 1932 r.). Dla niego największą rozkoszą było pełnić Jego (Boga) wolę, pisze o tym w liście do rodziców z 20 grudnia 1933 r. Przeżywał głęboko wewnętrznie swoją relację z Bogiem, widać to w słowach wyrażonych w liście: "Bóg dokonuje dzieła miłości w mej duszy", a w końcu pełne zrozumienie tej tajemnicy oraz inny język by ją wyrazić będzie "dopiero w niebie" (list do matki z 3 marca 1938 r.) .
Ostania modlitwa zapisana przez niego w kolejną rocznicę złożenia ślubów zakonnych, wieńcząca niejako pozostałe, to błagalny krzyk do Maryi o więcej jeszcze miłości, o zdolność nieskończonego kochania, poświęcania się i upodobnienia do Chrystusa Ukrzyżowanego i do Matki Bolesnej ("bezmiar boleści i Miłości"). Niewątpliwie czerpie on w tej modlitwie z doświadczeń mistycznych założyciela rodziny pasjonistowskiej. Prosi w tej modlitwie, aby został świętym, aby bliscy jego sercu byli doprowadzeni do zbawienia i świętości (11 listopada 1944 r.) .
W notatkach zachowanych w archiwum, zapisuje zwroty nawiązujące do duchowości pasjonistowskiej, używa takich zwrotów jak: "ogołocenie zupełne", "wyzucie się całkowicie z siebie". Pisze o wyrzeknięciu się własnych pragnień, zapatrywań, planów, aby oddać, pogrążyć się bez zastrzeżeń w woli Bożej i jest to dla niego szczyt doskonałości. .
W innym miejscu notatek, w rachunku sumienia, notuje by "stracić z oczu siebie, wpatrując się w wolę Bożą, przesłonić swoje upodobania i pragnienia upodobaniami i pragnieniami ukochanego Ojca Niebieskiego". Jest to czynione tym ochotniej, im boleśniej dla niego to przychodzi. (11 listopada 1944 r., Rawa Mazowiecka, w X rocznicę złożenia ślubów). Widać tu wyraźny wpływ mistyki karmelitańskiej.
O stanie jego duszy świadczą słowa kierowane do matki z 3 lutego 1938 roku: "dobry Bóg pozwala poznać mi świat o wiele szerzej niż innym, a mimo to… jedyną treść znajduję w wielkiej ciszy wielkiego kochania – w sercu, w którym jest On. Z ludźmi nie umiem rozmawiać. Wszystko to, co mi mogą powiedzieć stanowi dla mnie pustkę, a nawet kiedy mówię o Bogu trudność znajduję: co innego chciałoby się powiedzieć, a co innego wychodzi ze słów". .
Ojciec Bernard Kryszkiewicz swą duchowość opierał na duchowych doświadczeniach założyciela, św. Pawła od Krzyża, włoskiego mistyka XVIII wieku, a także na duchowości karmelitańskiej (św. Teresa z Avila i św. Jan od Krzyża) jak i na doświadczeniach św. Teresy od Dzieciątka Jezus z XIX wieku. Cechował tę duchowość akcent chrystocentryczny i pasyjny, a także wyraźnie maryjny. Bernard pragnął dzielić się swoim osobistym doświadczeniem głębokiej relacji z Bogiem z innymi, wśród których posługiwał. Dlatego pozostawił po sobie liczne notatki, modlitwy, wskazówki i kazania, które dzisiaj służą nie tylko do poznania tej postaci, ale pełnią rolę duszpasterską.